La notizia risale all'anno 1053 e proviene dal sermone di san Pier Damiani su san Rufino, dove gli abitanti della località sono chiamati Isolani. Il toponimo compare nei documenti d'archivio fino al XIV secolo, come Insula Romana o Romanesca.

 

In un primo tempo, il borgo parteggiò per Assisi e nel 1319 rallentò la marcia delle truppe perugine, resistendo ai loro assalti per sette mesi. Quando alla fine si arrese, fu devastata e le sue fortificazioni furono distrutte, ma ben presto furono ricostruite e il nome di Bastia le fu dato proprio grazie alle sue imponenti opere militari, alle mura ed al castello dotato di 17 torrioni (o "bastioni").

 

Nel 1340 il castello di Bastia faceva ancora parte del territorio di Assisi, Nel 1380 il comune di Assisi stabilì che si ricostruissero, presso l'Isola, gualchiere e mulini e che venisse fortificato il castello. Lo stemma recava un vomere, testimonianza di un'economia basata prevalentemente sull'agricoltura. Nel 1397 divenne signore del castello di Bastia il perugino Biordo Michelotti.

 

Nel 1419 Bastia fu presa dal capitano di ventura Braccio da Montone. Dopo essere ritornata brevemente sotto Assisi, nel 1431 si dette a Malatesta Baglioni e rimase sotto il dominio di questa famiglia fino al 1580, quando passò a Filippo Boncompagni, nipote del papa Gregorio XIII. Per concessione del pontefice, cominciò a tenersi, fin dal 1581, una fiera, che durava dal 17 al 25 settembre di ogni anno.

 

Nel 1614 Bastia si dava un proprio statuto, staccandosi così per sempre dal comune di Assisi.

 

Nel 1808 insieme al resto dell'Umbria, fu invasa dall'esercito di Napoleone; nel 1816 ritornò sotto lo Stato Pontificio, finché nel 1861 entrò a far parte del Regno d'Italia. Nel 1832 e nel 1854 gravi terremoti colpirono anche Bastia, come altri centri dell'Umbria, provocando ingenti danni alle abitazioni ed agli edifici pubblici.

 

Nel 1926 prese il nome di Bastia Umbra, per distinguerla da altre località aventi lo stesso toponimo.

 

Durante la seconda guerra mondiale subì bombardamenti che colpirono in particolare gli opifici, la ferrovia e i ponti sul fiume Chiascio. Dal secondo dopoguerra fino a tutti gli anni novanta del XX secolo ha conosciuto una forte crescita demografica, urbanistica ed economica, grazie alla presenza di stabilimenti industriali (settori alimentare, del tabacco, metalmeccanico, dell'arredamento ed abbigliamento) e di varie piccole-medie imprese agricole, artigianali e commerciali.

 

Nel 1978 è stato inaugurato il centro fieristico regionale chiamato Umbriafiere, che nel 1987 è stato intitolato a Lodovico Maschiella, politico e giornalista, già sindaco di Bastia Umbra.